Коноха
Минато, он же 4 Хокаге воскрес, блогадоря жертвенному контракту с Шанигами.
Наруто обучается у Минато. Под его руководством Наруто становиться ниндзя ранга S. Коноха набирает силы после атаки Пейна, Деревня восстанавливается. Цунаде предлагает Минато вернутся на звание 4 Хокаге. Минато отказывается, так как Цунаде более опытна в таких делах. Но вдруг из морга Конохи пропадает тело Какузу. Так же Шикамару сообщает что из ямы пропал Хидан. Узнав что Мадара Учиха вернулся, Цунаде решает собрать отряд мощных шиноби Конохи. В состав вошли Гай, Какаши, Минато, Наруто, Рок Ли, Неджи, Шикамару, Чоджи, Шино и Киба. Но Цунаде понимала, что Мадару просто так не победить и решилась вернуть к жизни Хашираму Сенджу, ранее 1 Хокаге. Для этого она посылает Минато в деревню Цуки чтобы тот отправился в мир Шанигами и вернул Сенджу. Когда Минато уходит, из Наруто сеет черная аура. Из нее появляется Учиха Итачи. Он говорит, что оставил Наруто свою часть чтобы воскреситься (как крестраж). Итачи начинает помогать Конохе в защите.
Суна
Гаара узнает о планах Акацуки и решает защитить Суну от атаки Акацуки. Он использует остаток своей силы Шикаку, и Суна исчезает. Теперь Суну нельзя было найти, но Гаара знал что этого мало. Он посылает Канкуро, Темари и Баки в Коноху за помощью.
Кири
Кири решает перейти на сторону Конохи. Мицукаге тайно помогает Акацуки обеспечевая их информацией про Суну. Но при этом Пейн не желает их помощи и посылает отряд Акацук в Кири, чтобы те уничтожили все деревню.
Акацуки
Пейн воскрешает мертвых Какузу, Дейдару, Сасори. Хидана он вытаскивает из ямы. Секрет воскрешения в том что он вставил им антенны как и у его тел. Но Пейн не может контролировать больше 6 тел и дает Какузу, Дейдаре и Сасори свободу.Мадара и Пейн получают новое додзютсу с помощью обмена глазами (ШаРининган). План Мадары таков: полное и максимальное уничтожение Конохи. Он собирается забрать Кьюби у Наруто. Но недооценив шиноби Конохи Мадара посылает Пейна убить Минато в Хоси. Пейн и Конан отправляются туда, а Дейдара, Какузу, Хидан, Кисаме отправляются уничтожать Кири.
Ястреб
На Саске все чаще и чаще нападают воины Райкаге. Саске злиться и становиться все жестче и жестче. Он собирает Ястреб и идет в Кумо чтобы полностью разгромить селение облаков.
Кумо
Райкаге собирает отряд и вступает в бой с Ястребом. Во время сражения он и Саске используют легендарные молнии смерти. Саске убивает Райкаге и становиться на время лидером Кумо.
Хоси
Глава Хоси помогает Минато вступить в мир мервых. Пока Минато воскрешает Сенджу, лидер сражается с Пейном. Но у Минато не получается вернуть Сенджуу и он сражается с телами пока лидер воскрешает Сенджу.
Куса
Клан Кусанаги становятся в лидерстве Кусы. Он решают наблюдать за действием других стран, но из-за их вмешателства в Кусы для полного разрушения отправили Зецу.
Ото
Кабуто не может долго сдерживать Орочимару и решается убить его до полного заражения. Но Орочимару захыватывает тело Кабуто. При этом Кабуто остается в сознании, и поэтому у Орочимару не полный контроль тела. Он собирает армию звука и решает отправится в Таки для лучшего наблюдения за происходящими войнами.